En los estudios clínicos con moxifloxacina, la mayoría de los efectos colaterales (más del 90%) se describieron como leves o moderados. El índice de abandono del tratamiento debido a efectos colaterales en pacientes tratados con moxifloxacina fue de 3,6% para los comprimidos y de 5,7% para la solución intravenosa en tratamiento secuencial (administración intravenosa seguida de administración oral). A continuación, se describen los efectos colaterales más frecuentes (cuya relación con el tratamiento se considera probable, posible o no evaluable) basados en todos los estudios clínicos con moxifloxacina: dolor abdominal, cefalea, náusea, diarrea, vomito, dispepsia, alteración en el sentido del gusto, mareo, prolongación del QTcen pacientes con hipocaliemia. Se han reportado en forma poco común o rara (entre el 0,1 y 1%) los siguientes síntomas: astenia, moniliasis, malestar, dolor torácico, taquicardia, hipertensión, palpitaciones, boca seca, flatulencia, constipación, anorexia, estomatitis, alteraciones gastrointestinales, glositis, artralgias, mialgias, insomnio, vértigo, nerviosismo, somnolencia, ansiedad, temblor, parestesias, rash, prurito, sudación, vaginitis, moniliasis vaginal y leucopenia.
En base a los reportes de post comercialización, con una frecuencia muy baja (<0,01%): reacción anafiláctica y choque anafiláctico (posiblemente amenazante para la vida).